Pada tahun 1966, nama asal SMK Sandakan ialah Sandakan Secondary School 

dan merupakan sebuah sekolah tumpangan dengan aliran penghantar Bahasa Inggeris

Aliran penghantar Bahasa Melayu diperkenalkan pada tahun 1969

Disebabkan bilangan pelajar yang semakin bertambah, Jabatan Pendidikan Sabah 

membina bangunan tambahan tetap SMK Sandakan di batu 1^1/2 Jalan Labuk Sandakan 

pada tahun 1973. Pembinaan ini dibiayai sepenuhnya oleh Bank Dunia

Pada tahun 1988, SMK Sandakan mencatat sejarah mempunyai lebih 1000 orang pelajar 

Tingkatan 1.

Kini SMK Sandakan merupakan sebuah sekolah dua sesi dan bergred A , dengan tenaga

 pengajar lebih 70 orang dan mampu menampung lebih daripada 1500 orang pelajar.

23 buah bilik darjah telah disediakan untuk pelajar menengah bawah 

(tingkatan 1, 2 dan 3) dan pelajar menengah atas (Tingkatan 4, 5 dan 6)